Tras la ruptura de Gondwana a finales del Mesozoico, Sudamérica pasó la mayor parte de la era Cainozoica como un continente insular.
Su "espléndido aislamiento" permitió que la fauna evolucionara hacia muchas formas que no se encuentran en ningún otro lugar de la tierra, la mayoría de las cuales están ahora extintas.
Los primeros mamíferos
Los mamíferos endémicos consistían inicialmente en metaterios (incluyendo marsupiales, xenartros y un grupo diverso de ungulados sudamericanos.
Los marsupiales parecen haber viajado desde Sudamérica a través de la Antártida hasta Australasia a finales del Cretácico o principios del Terciario.
Las ratitas (parientes de los tíngaros sudamericanos) probablemente emigraron por esta ruta más o menos al mismo tiempo, en dirección de Sudamérica hacia Australia/Nueva Zelanda.
Otros taxones que pueden haberse dispersado por la misma vía (si no es volando o en balsa) son los loros, las tortugas quelíferas y las tortugas meiolíticas (extintas).
Un marsupial sudamericano vivo, el diminuto Monito del Monte, está más relacionado con los marsupiales australianos que con otros marsupiales sudamericanos. Como es el marsupial más "basal" (= primitivo) que conocemos, su grupo probablemente evolucionó en Sudamérica y luego colonizó Australia.
Un fósil de ornitorrinco de 61 mya de antigüedad procedente de la Patagonia podría ser un inmigrante australiano.
Entre los marsupiales de Sudamérica se encuentran los didelphimorphs (zarigüeyas), las zarigüeyas musarañas y otros pequeños grupos.
Depredadores
Los borhyaénidos y los dientes de sable Thylacosmilus se consideraban antes marsupiales. Son metaterios esparasodontes, el grupo hermano de los marsupiales. Los esparasodontes fueron los únicos mamíferos sudamericanos que se especializaron como carnívoros. Su relativa ineficacia dejó oportunidades para que los depredadores no mamíferos tuvieran más protagonismo de lo habitual (similar a la situación en Australia).
Los esparasodontes compartían los nichos ecológicos de los grandes depredadores con las temibles "aves del terror" no voladoras (forofos), cuyos parientes más cercanos (vivos) son las seriemas. Los cocodrilos ziphodont terrestres también estuvieron presentes al menos hasta el Mioceno medio. Algunos de los cocodrilos acuáticos de Sudamérica alcanzaron tamaños monstruosos, con longitudes de hasta 12 m.
Por los cielos de Sudamérica del Mioceno tardío (hace 6 Ma) surcó el ave voladora más grande que se conoce, el teratorn Argentavis, con una envergadura de 6 m o más, que puede haber vivido en parte de las sobras de las matanzas de Thylacosmilus.
Herbívoros posteriores
Los xenartros son un curioso grupo de mamíferos que desarrollaron adaptaciones morfológicas para dietas especializadas muy pronto en su historia.
Además de los actuales (armadillos, osos hormigueros y perezosos arbóreos), había una gran diversidad de tipos más grandes, como los pampateros, los gliptodontes de aspecto anquilosado, varios perezosos terrestres, algunos de los cuales alcanzaban el tamaño de los elefantes (por ejemplo, el Megatherium), e incluso perezosos semiacuáticos.
Los notoungulados y los litópteros tenían muchas formas extrañas, algunos ejemplos de evolución convergente.
Ambos grupos empezaron a evolucionar en el Paleoceno inferior, posiblemente a partir de un tronco de condilaria, se diversificaron, disminuyeron antes del gran intercambio y se extinguieron a finales del Pleistoceno. Los piroterios y astrapoterios también eran extraños, pero eran menos diversos y desaparecieron antes, mucho antes del intercambio.
La fauna norteamericana era la típica euteria septentrional (complementada con probosidos afroterianos).