El ladrón del rayo
Perseus "Percy" Jackson se presenta como un niño problemático de 12 años que es un estudiante con dislexia, lo que le dificulta la lectura, y con TDAH (Trastorno por Déficit de Atención e Hiperactividad), lo que le dificulta prestar atención. Ha sido expulsado de todos los colegios a los que ha ido. Le acaban de echar de la Academia Yancy, en el norte del estado de Nueva York. Tiene pocos amigos en la escuela, siendo su mejor amigo Grover Underwood, un sátiro (mitad humano, mitad cabra) disfrazado de humano.
Durante una excursión a un museo, Percy se siente molesto por la matona del colegio, Nancy Bobofit, por haber intimidado a Grover y, en un ataque de ira, convoca accidentalmente el agua de una fuente cercana para arrastrarla, pero no sabe cómo lo ha hecho. La Sra. Dodds, su profesora de pre-álgebra, es testigo de toda la escena y le dice que la siga al museo para una "charla". De repente, ella se convierte en la Furia Alecto, y le ataca, pareciendo una figura parecida a un murciélago con unos colmillos enormes. Percy consigue destruirla utilizando la pluma del Sr. Brunner, Riptide, que se transforma en una espada en su mano. Sin embargo, cuando Percy vuelve al autobús y pregunta a sus compañeros, nadie recuerda a la señora Dodds debido a una fuerza conocida como la Niebla. El único que puede recordarla es Grover, que siempre dudaba antes de responder. Todos los demás creían que se llamaba Sra. Kerr.
Percy pregunta qué acaba de suceder, y el Sr. Brunner dice que no vio nada y que Percy debería traer sus propias cosas para escribir en el futuro. Percy pregunta a sus compañeros de clase sobre el tema, pero actúan como si nunca hubiera existido la "señora Dodds". Percy se da cuenta de que Grover está mintiendo cuando vacila cada vez que Percy menciona a la "Sra. Dodds". Percy escucha a Grover y al Sr. Brunner hablar de él más adelante en el año escolar. Mientras va a casa en el autobús con Grover, ve a tres ancianas tejiendo un calcetín gigante. Grover parece muy preocupado por ellas. Percy deja a Grover en la parada del autobús y toma un taxi hasta su apartamento por su cuenta.
Su madre llega poco después de que él llegue a casa y le dice que pueden ir a la playa de Montauk durante todo el fin de semana. Percy se alegra de que por fin haya ocurrido algo bueno y recoge sus cosas y se va. En la playa, Percy se despierta en medio de la noche en medio de una tormenta y se sorprende al ver que Grover se acerca a él y a su madre, diciéndoles que se vayan. Percy está confundido, pero su madre los lleva a ambos en el coche y se aleja rápidamente.
Tras oír un gruñido detrás de ellos, su madre llega a una colina y empuja a los dos chicos fuera del coche. Percy ve que lo que les persigue es un minotauro, que carga contra ellos. Percy y su madre lo esquivan, pero Grover es demasiado lento y el minotauro carga contra él. Percy consigue derrotar al Minotauro, pero no antes de que éste disuelva a la madre de Percy en luz y la envíe al Inframundo. Percy arrastra a Grover colina arriba hasta el Campamento Half-Blood, donde Percy se desmaya en la puerta de la Casa Grande.
Percy se entera de que el campamento Half-Blood es un lugar para semidioses como él. Conoce a una futura amiga, Annabeth Chase. Se entera de que el Sr. Brunner es en realidad el centauro (mitad humano, mitad caballo) Quirón, el director de actividades del campamento. También se entera de que el director del campamento es el dios Dionisio. Le presentan a Luke Castellan, el líder de la cabaña de Hermes. Más tarde, en un juego de capturar la bandera, Percy derrota sin ayuda a Clarisse, líder de la cabaña de Ares, y a otros tres al curar sus heridas en el agua. Es entonces cuando se entera de que es hijo de Poseidón al aparecer un tridente holográfico sobre su cabeza. Poco después de enterarse de que el rayo de Zeus ha sido robado, Percy se embarca en su primera y finalmente exitosa búsqueda junto con Grover y Annabeth para recuperarlo.
El mar de los monstruos
El árbol de Thalia, la frontera mágica del Campamento Mestizo, ha sido envenenado. Se culpa a Quirón del envenenamiento y se le expulsa del campamento; Tántalo, que viene de los Campos del Castigo y no puede tener comida ni agua, asume el trabajo. Lo único capaz de librar al árbol de su veneno es el Vellocino de Oro, que se encuentra en la isla de Polifemo (otro hijo de Poseidón), en el Mar de los Monstruos (el Triángulo de las Bermudas).
Clarisse, la hija de Ares y vieja enemiga de Percy, recibe el encargo de adentrarse en el Mar de los Monstruos para traer de vuelta el Vellocino de Oro, que tiene poderes curativos para plantas, animales y humanos. Percy y Annabeth deciden ir también, no sólo por el Vellocino de Oro, sino por su amigo Grover que está atrapado en la cueva de Polifemo. Tyson, un joven cíclope del que Percy se hizo amigo en la escuela ese año, se une a ellos en su viaje. Tyson es hijo de Poseidón y, por tanto, hermanastro de Percy.
Al entrar en el Mar de los Monstruos, tienen que pasar por Escila y Caribdis. En lugar de intentar navegar entre las dos, Clarisse se dirige automáticamente a Caribdis y Tyson supuestamente muere en el barco de Clarisse después de que se hunda. Después de eso, Percy y Annabeth viajan a muchas islas peligrosas, y Annabeth le cuenta a Percy muchas cosas sobre cómo murió Thalia y también menciona su profecía y le dice a Percy que tiene que tomar una decisión cuando cumpla 16 años. Luchando contra muchos otros obstáculos, como las sirenas y la isla de Circe, se reúnen con Clarisse, Grover, y más tarde Tyson (que no murió), y parten con el Vellocino de Oro.
Cuando regresan al mundo de los mortales, envían a Clarisse en un avión para acampar sola, y Percy, Annabeth, Grover y Tyson son secuestrados por Luke. En un duelo con él, Percy casi muere. Le salvan Quirón, que se demuestra inocente, y sus parientes, los Ponis de la Fiesta. Cuando regresan al campamento, el vellocino es colocado en el árbol. El vellocino no sólo revive el árbol de Thalia, sino también a Thalia. Resulta que esto era en realidad un plan de Kronos, hecho para que tuviera otra oportunidad de controlar la profecía que rige el futuro del Olimpo y de los olímpicos.
Al final Percy y Annabeth ganan una carrera de carros y Annabeth besa a Percy en la mejilla.
La Maldición del Titán
En el tercer libro, Grover encuentra a dos semidioses en una escuela, Bianca y Nico di Angelo. Percy, Grover, Thalia y dos de las cazadoras de Artemisa, Zoë y Bianca (que más tarde eligió convertirse en cazadora, lo que molestó a Nico), son enviados en una búsqueda para salvar a Artemisa, que ha sido secuestrada. En realidad, Percy va a salvar a Annabeth, que fue capturada mientras salvaban a los di Angelo.
Durante el viaje, Percy conoce a una chica mortal en la presa Hoover, llamada Rachel Elizabeth Dare, que puede ver a través de la Niebla. Ella le ayuda a escapar de unos guerreros esqueléticos que intentaban atacar a Percy y sus amigos.
Mientras les advierte sobre el desguace de los dioses, Afrodita, diosa del amor, le dice a Percy que le espera un futuro romántico con Annabeth. Bianca es asesinada por un robot enloquecido en el depósito de chatarra de los dioses mientras intentaba conseguir una estatuilla para su hermano Nico. Ella dijo que era la única figurita que le faltaba en su colección. Durante la batalla con Atlas, Zoë recibe heridas mortales; es envenenada por su viejo amigo Ladón; su padre, Atlas, da el golpe final que la mata y Atlas vuelve a tener la carga de sostener el cielo. Al entrar en el Olimpo, los dioses deciden si matar a Thalia, Percy y Bessie (el ofiotauro), que puede tener la decisión de derribar el Olimpo según la Gran Profecía. Thalia se convierte en una de las cazadoras de Artemisa, lo que la elimina como posible destinataria de la Gran Profecía. Al final, los dioses deciden dejar a Percy con vida y mantener al Ophiotaurus a salvo en la sala del trono. Después, se celebra un banquete en honor a los héroes y Atenea le dice a Percy que desaprueba su amistad con su hija. En el campamento, Percy le cuenta a Nico la muerte de Bianca; él corre hacia el bosque. A partir de entonces, Nico odia a Percy, culpándolo de la muerte de su hermana. Annabeth, Percy y Grover buscan a Nico y no lo encuentran. Percy sostiene entonces la estatuilla del dios que Bianca le regaló en el desguace. De repente, se da cuenta de quién es el padre de Nico: Hades, señor de los muertos.
La batalla del laberinto
En el cuarto libro, se descubre el Laberinto de Dédalo. El Campamento Mestizo está en peligro de ser invadido por el ejército de Kronos a través del Laberinto. Quirón envía a Annabeth junto con Percy, Grover y Tyson al Laberinto en una búsqueda para encontrar a Dédalo. Con ello, esperan utilizar sus conocimientos para ayudar a frustrar cualquier ataque que se lleve a cabo utilizando el gigantesco laberinto subterráneo. Finalmente encuentran a Dédalo, que se ha hecho un nuevo cuerpo y se ha disfrazado de consejero de esgrima. Se produce una batalla, ya que el ejército de Kronos ataca el Campamento Media Sangre a través del Laberinto. Muchos resultan heridos y algunos quedan muertos. Dédalo aparece para ayudar junto con su mascota gigante, la señora O'Leary. Dédalo ha escapado de la muerte durante siglos, pero se entrega a Nico di Angelo, un hijo de Hades, para que pueda aceptar su castigo en el Inframundo y también para que pueda ver a su hijo Ícaro y a su sobrino Perdix. Percy hereda a la señora O'Leary; se han encariñado. La relación de Percy y Annabeth comienza a tomar un nuevo cariz. Annabeth salva a Percy varias veces y le besa una vez porque cree que va a morir. También hace una gran escena delante de todos los campistas cuando se da cuenta de que Percy está vivo.
El último olímpico
En el quinto libro, Percy descubre la verdad detrás de la Gran Profecía. Los campistas descubren que hay un espía entre ellos que está informando de todo a Kronos, quien se apoderó del cuerpo de Lucas en el cuarto libro. Percy se enfrenta a Kronos muchas veces, y finalmente se vuelve invencible al bañarse en el río Estigia.
Al principio, Percy y Beckendorf, hijo de Hefesto, son enviados a una misión para hacer explotar el crucero demoníaco de Luke, y Beckendorf es asesinado.
Percy y Nico se escabullen del campamento, y se encuentran con Hestia, que le muestra a Percy parte del pasado de Luke, y conocen a la madre de Luke.
Se produce una guerra entre los Titanes y los Olímpicos, que se ha estado gestando durante gran parte de la serie. Al final, Lucas, que también es invencible por haberse bañado en el río Estigia, se suicida para enviar a Kronos de vuelta al Tártaro. Silena Beuregard resulta ser la espía. Ella es una buena persona en su interior, pero Luke la amenaza, y hacen un trato para que Beckendorf no sea herido, ya que ella era la novia de Beckendorf. Silena muere intentando matar a un drakon, disfrazada de Clarisse, lo que molesta mucho a ésta.Al final del libro, Luke se suicida para salvar a los olímpicos.
Annabeth admite que nunca amó a Luke, y que se preocupó por él sólo como un hermano. Ella y Percy finalmente consolidan su relación. Percy intenta hablarle de sus sentimientos en el río Estigia, pero dice que ella no se lo pone fácil. Ella le dice: "Nunca, nunca te lo pondré fácil Cerebro de Alga. Acostúmbrate", y luego le besa, tras lo cual los demás campistas los arrojan al lago de las canoas. Percy crea entonces una burbuja de aire y comparten "prácticamente el mejor beso bajo el agua de todos los tiempos".