El nivel del mar era mucho más bajo hasta hace 8000 años. El Estrecho de Torres no estaba cubierto por el agua, lo que significa que las personas y los animales podían caminar entre Nueva Guinea y Australia. Algunos animales y aves pueden encontrarse tanto en Nueva Guinea como en Queensland, como el casuario. Otros animales, como los cerdos, llegaron a Nueva Guinea después de que el nivel del mar subiera y cerrara el puente terrestre y no pudieran llegar a Australia.
Hay pruebas de que los habitantes de las islas del Estrecho de Torres viven desde hace al menos 2.500 años. Es probable que la gente viviera allí mucho antes, pero el aumento del nivel del mar habrá cubierto sitios anteriores.
Descubrimiento europeo
El primer europeo conocido que navegó por el estrecho fue Luis Váez de Torres, un marino español o portugués. Era el segundo al mando de la expedición española dirigida por el portugués Pedro Fernández de Quirós que navegó desde Perú al Pacífico Sur en 1605. Después de que el barco de Quirós regresara a México, Torres siguió hasta las Molucas y luego hasta Manila. Navegó por la costa sur de Nueva Guinea. Es posible que viera el Cabo York en el continente australiano, pero no hay pruebas que lo demuestren. Torres escribió una carta al rey español sobre sus descubrimientos, pero se mantuvo en secreto hasta 1762.
En 1769, el geógrafo escocés Alexander Dalrymple, estaba traduciendo las cartas españolas encontradas en Filipinas en 1762. Leyó la carta de Luis Váez de Torres sobre un paso al sur de Nueva Guinea. Dalrymple escribió un libro, la Colección Histórica de los Varios Viajes y Descubrimientos en el Océano Pacífico Sur en 1770-1771. Este libro suscitó un gran interés por la idea de un continente desconocido. Dalrymple bautizó el estrecho con el nombre de Torres. Esto llevó al capitán James Cook a realizar otro viaje al Pacífico Sur. Dalrymple se enfadó porque fue el capitán Cook y no él quien se puso al frente de la expedición que condujo en 1770 al descubrimiento de la costa oriental de Australia. En 1770, Cook atravesó el estrecho tras navegar por la costa oriental de Australia. Desembarcó en la isla Possession y reclamó toda la tierra de Australia para Gran Bretaña.
Con gente como James Cook, William Bligh y Matthew Flinders explorando y confeccionando mapas del estrecho, muchos más barcos empezaron a atravesarlo en su camino desde Sidney a la India o Asia. Pero seguía siendo difícil para los barcos, y muchos naufragaban en los arrecifes. Una mujer escocesa, Barbara Thompson, fue la única persona que se salvó cuando el barco "America" chocó contra un arrecife en 1842. Fue salvada por los isleños y vivió con ellos en la isla Príncipe de Gales durante cinco años, hasta que llegó otro barco para llevarla de vuelta a Sydney.
Comercio
Desde la década de 1860 hasta aproximadamente 1970 hubo un importante negocio de extracción de perlas en el estrecho. El marisqueo de perlas atrajo a muchos buceadores experimentados de muchos países, especialmente de Japón.
Misioneros
La London Missionary Society llegó a Erub (isla de Darnley) en 1871. Los isleños siguen celebrando la llegada de los misioneros como "La llegada de la luz", y es festivo cada año en las islas.
Gobierno
Aunque algunas de las islas del Estrecho de Torres se encuentran frente a la costa de NuevaGuinea, fueron tomadas en 1879 por Queensland, entonces colonia británica. En 1978, un acuerdo entre Australia y Papúa Nueva Guinea fijó la posición correcta de la frontera marítima en el Estrecho de Torres. El Estrecho de Torres también tiene su propia bandera. Fue diseñada por Bernard Namok, de la isla de Thursday. Tiene un fondo de cinco franjas, verde para la tierra, azul para el mar y negro para el pueblo. Tiene un gran dari blanco, o tocado, y una estrella de cinco puntas para los cinco grupos de islas principales. En 1995 se convirtió oficialmente en bandera de Australia.
Segunda Guerra Mundial
En la Segunda Guerra Mundial, la isla de Horn, en el estrecho de Torres, a 150 km al norte del cabo York, se convirtió en la base aérea más septentrional de Australia. En 1940 se construyeron dos grandes pistas de aterrizaje. Fue utilizada por miles de aviones aliados. Con ocho ataques aéreos japoneses en 1942, fue el lugar más atacado de Queensland. Las condiciones en la isla eran duras para los soldados, con mala comida, falta de agua, enfermedades y ataques de los japoneses. El aeropuerto sigue funcionando como el principal para el extremo norte de Queensland. Ahora es un centro turístico, especialmente conocido por su pesca.