Loma de Cabrera tiene una superficie total de 140,0 km2 (54,1 millas cuadradas), aproximadamente el 13,7% de la superficie total de la provincia de Dajabón . La ciudad está a una altura de 206 m, y a 20 km al sur de la ciudad de Dajabón, la capital de la provincia.
La mayor parte del municipio está entre montañas porque se encuentra en la parte norte de la Cordillera Central. Las montañas más altas están al sur de la ciudad; al norte, sólo hay colinas bajas con pequeños valles.
Al norte de la ciudad hay un cerro con pinos que se ve desde la ciudad porque está solo; es el Cerro Chacuey.
El río más importante del municipio (y de la provincia) es el río Dajabón, también llamado río Masacre; atraviesa el municipio de sur a norte. Existen otros ríos pero son muy pequeños y afluentes del Dajabón.