El Dajabón nace en el
Pico de Gallo, en el lado norte de la Cordillera Central. Atraviesa la provincia
de Dajabón y forma parte de los límites entre
Haití y la
República Dominicana. Su desembocadura está en la bahía de Manzanillo, en el océano Atlántico.
Su caudal (volumen de agua que pasa por un tramo del río por unidad de tiempo) es de 2,84 metros cúbicos por segundo en Don Miguel, un lugar a pocos kilómetros al sur de la ciudad de Dajabón.
La ciudad de Dajabón es la más importante ciudad dominicana cercana al río. También pasa por la ciudad de Loma de Cabrera. La ciudad haitiana de Ouanaminthe también está cerca del río.
El afluente más importante es el río Capotillo (en Haití, río Bernard). No hay ningún afluente importante en la parte baja.
El río Capotillo forma parte de la frontera norte entre Haití y la República Dominicana hasta que se une al río Dajabón entre las ciudades de Loma de Cabrera y Dajabón. Luego la frontera sigue el curso del río Dajabón.