Los pandoravirus son un género de virus muy grandes. Tienen los genomas más grandes de todos los géneros virales. Al igual que los otros grandes virus Mimivirus, Pithovirus y Megavirus, Pandoravirus infecta a las amebas. Su genoma, con 1,9 a 2,5 megabases de ADN, es dos veces más grande que el de Megavirus. Se diferencia mucho de los otros grandes virus en su aspecto y en la estructura del genoma.
Aunque la cápside del Pithovirus es un 50% más grande, el Pandoravirus tiene el mayor genoma de todos los virus (2,5 millones de pares de bases).
Alrededor del 93% de los genes del Pandoravirus no se conocen en ningún otro microbio. Esto llevó a algunos científicos a sugerir que el virus pertenece a un "cuarto dominio", aparte de las bacterias, las arqueas y los eucariotas. Los virus en su conjunto no se consideran dentro de estos tres dominios, pero algunos biólogos los han propuesto como uno en el pasado.