Fue elegido sin oposición como único candidato, convirtiéndose en Presidente de Irlanda el 3 de diciembre de 1976.
Después de 1982 la gente pensaba que era un presidente muy bueno y honesto. Antes de eso, se le había tachado de aburrido y soso. En 1982 el Taoiseach, Garret FitzGerald del Fine Gael, perdió una votación en el Dáil Eireann. El Dr. Fitzgerald pidió unas elecciones generales. Como presidente no tenía que estar de acuerdo, y el Dr. Fitzgerald habría tenido que dimitir. Esto significaba que el Dáil Éireann podría elegir a Charles Haughey como Taoiseach. Hillery pensó que lo mejor era una nueva elección, pero muchas personas del propio partido del Presidente intentaron persuadirle de lo contrario.
El presidente Hillery se negó a hablar con ningún político del partido de la oposición, pero cuando Charles Haughey, que era líder de la oposición, llamó al despacho del presidente, éste amenazó con acabar con la carrera del oficial del ejército que respondía y se negó, por órdenes explícitas de Hillery, a pasar la llamada al presidente. Al día siguiente, Hillery llamó al Jefe de Estado Mayor del Ejército irlandés y, como Comandante en Jefe del Ejército, le ordenó que se asegurara de que ningún político interfiriera en la carrera del joven oficial del ejército.
En 1983, Hillery volvió a ser elegido sin oposición. Hillery dejó el cargo en 1990 (había cumplido el máximo de dos mandatos), ampliamente aplaudido por su integridad, honestidad y devoción al deber. Sin embargo, volvió a la vida pública en 2002, durante el segundo referéndum sobre el Tratado de Niza, cuando instó a votar por el sí. El referéndum salió adelante.