Concepción
La idea de una universidad pública en el territorio de Kansas fue mencionada por primera vez por el gobernador territorial Andrew Reeder el 3 de julio de 1855. Pronunció un discurso ante los miembros de la primera legislatura territorial: "Ampliar la necesidad de la educación general para producir un buen gobierno", dijo a los legisladores, "sería en este momento una obra de supererogación, y dejo el asunto en sus manos, confiando en que recibirá la atención que merece". Después de su discurso, la sesión respondió creando un sistema de escuelas comunes para el territorio. También aprobaron una carta para una "Universidad del Territorio de Kansas", propuesta para ser construida en Douglas, Kansas (cerca de la actual Lecompton). Sin embargo, esta propuesta de universidad nunca se construyó.
Los habitantes de Lawrence pensaron por primera vez en abrir un colegio privado del Estado Libre en la ciudad cuando ésta se asentó por primera vez. Esto ocurrió en el verano de 1854. Ese otoño, uno de los miembros de la Compañía de Ayuda a los Emigrantes de Nueva Inglaterra, Charles Robinson, dijo al tesorero Amos Adams Lawrence que los habitantes de Lawrence fundarían un colegio lo antes posible. Debía estar en la cima de Hogback Ridge (más tarde conocida como Mount Oread). En 1856, todavía no se había creado ningún colegio privado para Lawrence. Sin embargo, los habitantes de Lawrence mantenían la esperanza de crear uno. También empezaron a tener la esperanza de que más tarde se convirtiera en la universidad del estado. El día de Navidad de 1856, un grupo de personas importantes de Lawrence aprobó un proyecto de ley de un comité empresarial. En él se decía que había llegado el momento de crear una universidad en Lawrence. Se eligieron quince fideicomisarios para gobernar la universidad. Inmediatamente, eligieron un comité para solicitar al Congreso un terreno. Se estimó que se necesitarían 100.000 dólares para poner en marcha el colegio de forma adecuada. También se creía que casi todo este dinero tendría que ser recaudado fuera del Territorio de Kansas. La legislatura territorial constituyó una "Universidad de Lawrence" privada en enero de 1859. Sin embargo, el pueblo nunca pudo crear una universidad privada en Lawrence.
Establecimiento
En 1859, en la Constitución de Wyandotte -la constitución con la que Kansas se convirtió en estado- se redactaron partes para crear una universidad estatal. La primera legislatura del estado de Kansas, reunida en 1861, aprobó un proyecto de ley que crearía la universidad estatal en Manhattan, Kansas. Utilizaron los activos del Blue Mont Central College existente. Sin embargo, el proyecto de ley fue vetado por el gobernador Charles Robinson de Lawrence. Un intento de anular el veto en la Legislatura fracasó por dos votos. En 1862, otro proyecto de ley para hacer de Manhattan la sede de la universidad estatal fracasó por un voto. El 16 de febrero de 1863, el estado aceptó la oferta de Manhattan de donar el edificio y los terrenos del Blue Mont College, y creó la universidad estatal de concesión de tierras en ese lugar. Ésta se convertiría en la Universidad Estatal de Kansas.
Sin embargo, la legislatura dijo que la institución de concesión de tierras de Manhattan era diferente de lo que es una "universidad estatal". El 20 de febrero de 1863, el gobernador de Kansas, Thomas Carney, firmó una ley que creaba la universidad estatal en Lawrence. La ley decía que si Lawrence quería la universidad, tendría que dar un fondo de dotación de 15.000 dólares y un lugar para la universidad. El lugar tendría que estar en la ciudad o cerca de ella, y tenía que tener un tamaño de al menos cuarenta acres (160.000 m²). Si Lawrence no lo hacía, Emporia obtendría la universidad en lugar de Lawrence.
El lugar elegido para la universidad fue una colina conocida como Mount Oread o Hogback Ridge. Era propiedad del ex gobernador de Kansas Charles L. Robinson. Robinson y su esposa Sara cedieron la zona de 40 acres (160.000 m2 ) al Estado de Kansas a cambio de tierras en otro lugar. El filántropo Amos Adams Lawrence aportó 10.000 dólares del fondo de dotación necesario. El pueblo de Lawrence recaudó el resto del dinero emitiendo billetes con el apoyo del gobernador Carney. El 2 de noviembre de 1863, el gobernador Carney dijo que Lawrence había cumplido las condiciones para obtener la universidad estatal. El 1 de marzo de 1864, la Universidad de Kansas se constituyó oficialmente.
La Junta de Regentes de la escuela tuvo su primera reunión en marzo de 1865. Este es el acontecimiento del que data la creación de la KU. Las obras del primer edificio de la universidad (Old North College) comenzaron ese mismo año. El 19 de julio de 1866, la Junta de Regentes eligió a los tres primeros miembros del profesorado de la KU.
La Universidad de Kansas se inauguró oficialmente el 12 de septiembre de 1866. Tenía 26 chicas y 29 chicos inscritos en la escuela preparatoria. La escuela comenzó a impartir clases de nivel universitario en 1869. La primera promoción (de cuatro estudiantes) se graduó en la universidad en 1873. Fue una de las primeras universidades públicas en admitir a mujeres y hombres por igual en Estados Unidos.
A partir de estos inicios, comenzó una rivalidad con Kansas State, la universidad pública más antigua del estado de Kansas.
Un estudiante de principios de la década de 1870 fue el escritor y periodista Frank Harris. En el volumen 1 de sus memorias (My Life and Loves, 1922), describió el clima intelectual que encontró en la universidad en aquella época. Dijo que sus raíces liberales de Nueva Inglaterra estaban siendo superadas por el conservadurismo.
En abril de 1874, se publicó la primera publicación estudiantil seria de la escuela, Observer of Nature. En marzo de 1878, el ex canciller James Marvin dirigió el primer proyecto de "embellecimiento del campus" de la escuela. Se plantaron más de 300 árboles, incluyendo una zona que ahora se conoce como "Marvin Grove".
"Jayhawk de tiza de roca"
En mayo de 1886, el profesor Edgar Henry Summerfield Bailey propuso por primera vez el grito que se convertiría en el cántico "Rock Chalk Jayhawk, K.U.". Creado inicialmente para el club de ciencias de la KU, la versión de Bailey era "Rah, Rah, Jayhawk, KU" repetido tres veces. Los rahs fueron sustituidos más tarde por "Rock Chalk". Se trata de una transposición de chalk rock, el nombre de la piedra caliza que se encuentra en el Monte Oread, donde está el campus de Lawrence. Con el tiempo, el canto se hizo conocido en todo el mundo. El ex presidente estadounidense Theodore Roosevelt dijo que era el "mejor canto universitario que había escuchado". En 1920, el Rey de Bélgica pidió que el canto universitario estadounidense fuera normal en los Juegos Olímpicos. Tras debatirlo, los atletas de los Juegos se pusieron de acuerdo en el canto de la tiza de roca.