El arco argumental 2001-2008 de Bionicle se ambientaba en un mundo de fantasía científica habitado predominantemente por seres en parte orgánicos y en parte máquinas en un mundo subterráneo, que existe en enormes cúpulas bajo tierra. Este mundo (apodado "El Universo Matoran") y sus razas fueron protegidos en su día por un Gran Espíritu llamado Mata Nui, hasta que fue arrojado a un sueño eterno por el malvado Makuta Teridax y la Hermandad de Makuta. El mundo de los Matoran comenzó a desmoronarse. Pero la máscara de la vida que estaba almacenada dentro de Mata Nui fue enviada al espacio para encontrar un nuevo planeta. La máscara aterrizó en el planeta de Bara Magna y la máscara creó un pequeño cuerpo.
En 2009 comenzó una nueva saga de la historia, dejando atrás los años anteriores y aventurándose en nuevas posibilidades, ya que Mata Nui, tras ser desterrado por Makuta Teridax, se estrella en un misterioso planeta estéril llamado Bara Magna. Aquí se convierte en el centro de la historia, y hace nuevos aliados mientras intenta encontrar una forma de salvar a los Matoran y a los Toa del gobierno tiránico de Makuta Teridax.
2001 - En busca de las máscaras
La historia comienza con seis Toa Mata: Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu y Onua, que llegan a una isla conocida como la Isla de Mata Nui, sin recordar nada más que sus nombres. Descubrieron que sus habitantes, los aldeanos Matoran, se enfrentan a los constantes ataques de los Rahi infectados, bestias salvajes controladas por la poderosa influencia de Makuta Teridax mediante el uso de máscaras Kanohi infectadas, provocando una guerra que duró unos 1000 años. Tras buscar y encontrar numerosas máscaras Kanohi, los Toa reciben cada uno una máscara Kanohi de oro con un tremendo poder y buscan al propio Makuta. Después de desafiar a los feroces cangrejos Manas y a los Toa de la Sombra (réplicas ilusorias de los Toa), los Toa se enfrentan a Makuta y lo derrotan uniendo sus poderes elementales.
2002 - Los enjambres Bohrok
Tras su derrota, Makuta liberó a los antiguos Bohrok. Los Bohrok son drones robóticos que fueron diseñados para "limpiar" la isla de Mata Nui a su estado "en el tiempo anterior". Los Bohrok empezaron a arrasar los pueblos de la isla, obligando a los Matoran a huir. Un ingenioso Matoran de la Tierra, Nuparu, construye un poderoso vehículo llamado Boxor, hecho con partes de un Bohrok dañado, para combatir los enjambres. Los Toa, que desconocen el propósito del Bohrok, reunieron a los Krana del Bohrok (criaturas con forma de máscara que funcionan como sus cerebros) para enfrentarse a las reinas del Bohrok, las Bahrag: Cahdok y Gahdok. Los Cahdok y Gahdok derrotados son sellados en una prisión creada por los poderes elementales de los Toa. A continuación, los Toa Mata son expuestos a una sustancia llamada Protodermis Energizada, que los transforma, otorgándoles nuevas armaduras y armas. Se rebautizan como los "Toa Nuva".
2003 - La huelga de Bohrok-Kal y la máscara de la luz
Con Cahdok y Gahdok derrotados, los Enjambres Bohrok son detenidos y devueltos a sus colmenas. Sin embargo, seis nuevos Bohrok de élite, llamados los Bohrok-Kal, aparecieron con el propósito de liberar a los Bahrag. A continuación, procedieron a robar los poderes de los Toa Nuva, que son la clave para romper el sello. A punto de ser derrotados, los Toa fuerzan todos sus poderes en los Bohrok-Kal, sobrecargándolos y derrotándolos.
Poco después, dos Matoran, Takua y Jaller, descubrieron la Máscara Kanohi de la Luz. Se les encomendó la tarea de viajar por la isla de Mata Nui para encontrar al Toa de la Luz. Mientras tanto, Makuta creó y envió seis criaturas llamadas Rahkshi para encontrar la máscara y detener la llegada de los Toa de la Luz. Los Rahkshi arrasaron Mata Nui, destruyendo los pueblos de Ta-Koro y Onu-Koro. Los Rahkshi fueron detenidos por los Toa, pero no antes de matar a Jaller. La muerte de Jaller hizo que Takua se diera cuenta de que era el Toa de la Luz, y se puso la máscara para convertirse en Toa Takanuva. Takanuva fue a enfrentarse a Makuta y, durante su batalla, ambos cayeron en un charco de protodermis energizada, una sustancia plateada con el poder de cambiar o destruir a un ser, y se fusionaron en el ser Takutanuva. Takutanuva procedió entonces a abrir la puerta de la ciudad de Metru Nui, permitiendo el paso de los Matoran y los Toa. Utilizando parte de su energía vital, revivió a Jaller mientras seguía manteniendo la puerta abierta. Sin embargo, el uso de energía fue demasiado grande y Takutanuva fue aplastado por la puerta, pareciendo que mataba tanto a Takanuva como a Teridax, dejando sólo la Máscara de Luz de Takanuva. Takanuva revivió rápidamente cuando su máscara fue utilizada para activar la baliza hacia Metru Nui. Después, los Matoran se prepararon para regresar a la ciudad-isla de Metru Nui.
2004 - Leyendas de Metru Nui
Mientras los Matoran se preparaban para viajar a Metru Nui, los Turaga (ancianos de la aldea) revelaron que una vez habían sido Toa, luchando en Metru Nui contra amenazas como la criatura vegetal Morbuzakh y los escuadrones de ejecución Vahki controlados por Dume. Ellos, como Matoran, se transformaron en los Toa Metru gracias a las piedras Toa que contenían poder sacrificadas por los Toa Lhikan. Su misión era encontrar los seis Grandes Discos y derrotar al Morbuzakh, una amenaza vegetal que amenazaba con destruir la ciudad. Sin embargo, cuando lo hicieron, fueron traicionados por Dume, el Turaga de la ciudad. Más tarde, descubrieron que Makuta Teridax había tomado el disfraz de Dume y se había hecho con el control de los Vahki (robots encargados de hacer cumplir la ley). Su plan era dormir a los Matoran, borrar sus recuerdos y volver a despertarlos "como su conquistador". Los Toa huyeron, pero fueron atacados por Teridax. Combinando sus poderes elementales, fueron capaces de sellar a Teridax en una prisión de protodermis cristalizada. Los Toa viajaron a una nueva isla, que más tarde sería conocida como Mata Nui, prometiendo volver para salvar a los Matoran.
2005 - Red de sombras
Regresan. Sin embargo, el malvado rey Sidorak y su virrey Roodaka habían estado reinando en la isla, con viciosas criaturas parecidas a arañas llamadas Visorak. Los Toa fueron pronto capturados y mutados en bestiales Toa Hordika. Para volver a la normalidad, los Toa buscaron al legendario Rahi Keetongu. Sin embargo, el Toa Vakama traicionó a los demás Toa y se unió a Sidorak, que lo convirtió en el líder de los Visorak. Los otros Toa se enfrentaron a la horda de Visorak en una gran batalla, y convencieron a Vakama para que se uniera a ellos. Vakama ordenó entonces la liberación de los Visorak. Keetongu mató entonces a Sidorak, a quien Roodaka y Vakama traicionaron. Los seis Toa derrotaron entonces a Roodaka con sus seis poderes elementales. Sin embargo, esto tuvo el efecto secundario de liberar a Makuta porque Roodaka llevaba un fragmento de su prisión. Los Toa la golpearon por esta razón. Tras ser restaurados por Keetongu, los Toa Metru llevaron a los Matoran a una nueva isla. Cuando sacrificaron su poder para despertar a los Matoran, se convirtieron en Turaga, y más tarde establecieron nuevos pueblos en esta isla llamada Mata Nui.
2006 - Isla de la perdición
Los Toa Nuva se enteraron de que Mata Nui no sólo estaba dormida, sino que se estaba muriendo. Para salvarlo, deben viajar a la isla de Voya Nui y buscar la misteriosa Kanohi Ignika, la Máscara de la Vida. Los Toa Nuva se embarcan en esta aventura pero rápidamente son hechos prisioneros por seis nuevos y poderosos enemigos, los Piraka: Zaktann, Hakann, Vezok, Thok, Reidak y Avak. Buscaban la máscara para sus propios fines oscuros. Cuando los Toa no regresaron, un grupo de seis Matoran los siguió. Jaller, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu y Matoro escaparon a la isla en botes de Toa, pero mientras viajaban, los rayos de luz de la Estrella Roja los transformaron en los Toa Inika. A su llegada, se enteran de la existencia de los Piraka y de cómo esclavizaron a los Matoran locales haciéndose pasar por falsos Toa, para hacer que los Matoran les construyeran una fortaleza. Con la ayuda de una pequeña resistencia Matoran y del antiguo guardián Axonn, los Toa Inika pudieron liberar a los Toa Nuva, encontrar el templo de la máscara y luchar contra los Piraka, así como contra las otras criaturas que lo custodiaban. Finalmente salieron victoriosos con el Kanohi. Pero la Máscara de la Vida poseía voluntad propia, y en el último momento los evadió a todos, precipitándose a las profundidades del mar.
2007 - El mar de las tinieblas
Tras la persecución de la Máscara de la Vida, los Toa Inika descendieron a las aguas después de recibir la misteriosa pista "salva la ciudad hundida" de un Matoran desconocido, que había salvado a Hahli de ahogarse a costa de que muriera por el síndrome de descompresión[14] Una ráfaga de energía de la Máscara de la Vida transformó a los Toa Inika en formas que respiran agua. Descubrieron un pueblo habitado, Mahri Nui, que se había separado de Voya Nui y se había hundido hacía mil años. La aldea estaba amenazada por antiguos señores de la guerra conocidos como Barraki que habían mutado por las aguas mutagénicas cercanas llamadas "El Foso". Los Toa, ahora conocidos como Toa Mahri, se enfrentaron a los Barraki para sobrevivir. Sin embargo, para cuando el Toa recuperó la máscara, el Gran Espíritu murió. Al darse cuenta de que aún había esperanza, el Toa Matoro corrió al núcleo del universo y sacrificó su vida para revivir a Mata Nui. En los últimos momentos de su vida, Toa Matoro utilizó el poder de la Máscara para teletransportar a los Toa Mahri de vuelta a Metru Nui y permitirles respirar de nuevo. La vida del Gran Espíritu se salvó, pero aún había que despertarlo.
2008 - La batalla final
Tras recibir nuevas armaduras y armas de Artakha, los Toa Nuva llegaron a Karda Nui, el núcleo del universo. Allí se enfrentaron a los Makuta, que intentaban convertir a la población de Av-Matoran -Matoran de la Luz- en Matoran de la Sombra. Los Toa Nuva fueron ayudados por la llegada de Takanuva, ahora capaz de controlar la Luz y la Sombra gracias al ataque de una sanguijuela de la sombra, y del Toa Ignika, que es la propia Máscara de la Vida. El Kanohi Ignika se había hecho un cuerpo porque deseaba ver cómo era ser un ser vivo. Con sus fuerzas combinadas, llegaron a una estructura en el centro de Karda Nui llamada Codrex, donde Toa Ignika tuvo que sacrificar su nuevo cuerpo para despertar a Mata Nui. Takanuva, con la ayuda de los restantes Av-Matoran no corrompidos, devolvió a los Matoran de la Sombra a sus estados anteriores. Poco después, los Toa escaparon del núcleo antes de que la tormenta de energía provocada por el despertar de Mata Nui pudiera destruirlos. Los Makuta, sin embargo, no lograron escapar y murieron todos. De vuelta a Metru Nui, se celebró el despertar de Mata Nui, pero la celebración se vio truncada cuando se reveló que Teridax se había apoderado del cuerpo de Mata Nui, revelándose como el universo de los Matoran. Atrapando el espíritu de Mata Nui en la Máscara de la Vida, lo envió volando al espacio para que el antiguo Gran Espíritu no pudiera interferir en su control sobre el universo.
2009 - La leyenda renace
La historia de Bionicle continúa después de que Mata Nui fuera desterrado de su cuerpo por Makuta Teridax, en un planeta llamado Bara Magna. Con la excepción de unas pocas especies de fauna, Bara Magna es un planeta desértico y estéril que apenas cuenta con recursos, por lo que cada tribu del planeta tiene unos pocos guerreros, llamados Glatorian, que luchan por ellos. Estos recursos, como la comida y el agua, se distribuyen en consecuencia. Los habitantes de este mundo se conocen como Agori. Los Agori forman en conjunto seis tribus diferentes, cada una de ellas afiliada a una región. Cuando la Máscara de la Vida aterriza en Bara Magna, crea un cuerpo para que Mata Nui lo utilice. Mata Nui se une entonces a unos cuantos Glatorian para derrotar a las fuerzas combinadas de los Skrall y los Cazadores de Huesos, dos grandes amenazas para los pueblos, y buscar una forma de volver a su cuerpo. Con la ayuda de sus nuevos amigos Glatorian y Agori, desenmascara a un traidor conocido como Metus y derrota a los Skrall y a los Cazadores de Huesos. Ayuda a las aldeas del mundo a unirse, cogiendo todas las piezas gigantes del robot y uniéndolas en un gran prototipo de cuerpo robótico, un cuerpo como el del Universo Matoran.
2010 - El fin del viaje
Tras derrotar a los Skrall y ver cómo se unen el resto de los pueblos, Mata Nui se enfrenta al reto de recuperar su antiguo cuerpo de Teridax. Se entera de que fue creado por los Grandes Seres en el planeta de Spherus Magna, que ahora está dividido en una luna selvática (Bota Magna), una luna oceánica (Aqua Magna) y el planeta desértico restante (Bara Magna), como resultado de la Guerra del Núcleo. Mata Nui también se entera de que, antes de ser construido, existía un robot anterior, que los Agori utilizan como hogar. Un Agori de Tesara llamado Tarduk ayuda a Mata Nui mostrándole una antigua fuente de energía que podría alimentar al antiguo robot.
En este viaje final, dos héroes regresan para terminar la lucha: Tahu, devuelto a su forma original para llevar la poderosa Armadura Dorada, y Takanuva. Les ayuda Gresh. Luchan contra el Señor de la Guerra Skakdi, Nektann para derrotar a Makuta, y su ejército; hordas de Rahkshi, armados con visión de calor; y Skrall.
La historia continúa mientras las fuerzas del Universo Matoran y de Glatorian se enfrentan al ataque de Skakdi, Rahkshi y Skrall. Tahu, Gresh y Takanuva recogen la armadura dorada esparcida por la explosión de Makuta entre los numerosos enemigos. Tahu derrota al señor de la guerra Skakdi, Nektann, y luego se pone la armadura, que incinera a todos los Rahkshi Kraata de Bara Magna.
Teridax afirma que destruirá Bara Magna con energía gravitatoria, hasta que Mata Nui fuerza su brazo hacia arriba, haciendo que Teridax envíe la onda de energía a las lunas de arriba. Mata Nui empuja a Teridax hacia una de las lunas que se precipitan, la luna verde de Bota Magna, cuyo impacto destruye su procesador central, lo que mata a Teridax. Mata Nui llora entonces al hermano que podría haber tenido, en su mente.
El final concluye cuando Mata Nui utiliza su fuerza, y el poder de la Máscara de la Vida, para reunir de nuevo a Spherus Magna, curar a los que fueron mutados por Pit Mutagen, devolver la vida al planeta y reconstruir los accidentes geográficos destruidos. La tensión hace que su núcleo de poder se disipe, destruyendo el prototipo de robot. Cuando los Glatorian y los Toa descubren al Ignika ileso en el lugar donde estaba Mata Nui, éste les habla desde el interior de la Máscara de la Vida. Les dice que el futuro es suyo y que deben construirlo. A continuación, permanece inactivo en el Ignika. Los Agori, Matoran, Toa, Glatorian y todos los demás comienzan una nueva vida en Spherus Magna.
El futuro de Bionicle
La línea de juguetes de Bionicle llegó a su fin a finales de 2009, después de que los sets de 2010 estuvieran finalizados para su lanzamiento, y fue sustituida en el verano de 2010 por Hero Factory, un tema de Lego compatible con los sets de Bionicle. Pero a pesar de esto, la historia continúa en series escritas por Greg Farshtey en línea en BIONICLEstory.com.
