Las islas deben su nombre a los esclavos gaélicos capturados por los nórdicos. La palabra en nórdico antiguo, Vestmenn (que significa Westmen), se aplicó a los esclavos y se mantuvo en islandés.
Cuando Ingólfr Arnarson llegó a Islandia, su hermano Hjörleifr Hróðmarsson fue asesinado por los esclavos gaélicos. En respuesta, siguió a los esclavos hasta las islas y los asesinó a todos, de ahí el nombre de Vestmannaeyjar (las islas de los hombres del oeste).
El 16 de julio de 1627, las islas fueron capturadas por un grupo de piratas norteafricanos que permanecieron allí hasta el 19 de julio. Estaban bajo el control de los otomanos. Los piratas capturaron a 234 personas de las islas y las llevaron en un viaje de 27 días a Argel, donde la mayoría pasó su vida en régimen de servidumbre. Uno de los prisioneros, el ministro Ólafur Egilsson, regresó en 1628 a las islas y escribió un libro sobre su experiencia. En 1636 se pagó un rescate por 34 de los cautivos y la mayoría de ellos regresó a Islandia. Después de esto, se construyó un fuerte en el volcán Helgafell para vigilar los barcos.
Durante siglos, los habitantes de las islas sobrevivieron gracias a la pesca y al consumo de aves y sus huevos. A finales del siglo XIX, el estilo de vida de los isleños mejoró mucho. En 1904 se compró la primera embarcación a motor, y poco después llegaron más. En 1930, la población había pasado de 600 habitantes en 1900 a 3.470. Desde entonces, las islas son conocidas por ser un gran promotor de la pesca y el procesamiento del mar.
En el año 2000, el gobierno noruego regaló a Islandia la iglesia de duelas de Heimaey. Esto fue para celebrar la conversión de Islandia al cristianismo mil años antes.