Las Primeras Naciones de Canadá vivieron en Point Pelee durante mucho tiempo. Esto fue antes de que los europeos llegaran a colonizar la zona. Se cree que la gente vivía en el mayor yacimiento arqueológico que se encontró en Point Pelee entre los años 700 y 900 d.C. Point Pelee fue nombrado por dos sacerdotes en 1670. Eran los padres Dollier y Galinee. La palabra pelée es la palabra francesa para calvo.
Los naturalistas y cazadores querían proteger la zona. Pensaban que la biodiversidad de los virds necesitaba ser protegida del desarrollo de la tierra en la zona. Antes de que se creara el parque, se creó un grupo llamado Great Lakes Ornithological Society. Estudiaron la migración de las aves en la zona. En 1915, recomendaron que Point Pelee se convirtiera en un parque nacional. Fue el primer parque nacional que se creó para proteger la zona. Eso cambió la forma de crear los parques nacionales. Cuando se creó el parque, todavía había muchas casas de campo en la zona y dos hoteles. También había muchas granjas y una escuela.
Muchas casas de campo se siguieron construyendo después de la creación del parque nacional. Tras el crack de Wall Street de 1929, no se vendieron más terrenos en el parque. El parque tenía un plan de desarrollo en la década de 1920. Se suponía que se iba a construir una autopista en el parque. A partir de los años 60, mucha gente acudió al parque. Point Pelee se convirtió en el parque nacional al que más gente acudía. Casi 781.000 personas fueron a Point Pelee en 1963. Debido a que mucha gente visitó el parque, se destruyó gran parte de la naturaleza y la vida silvestre. El gobierno de Canadá dijo que Point Pelee ya no debería ser un parque nacional debido a esto.
A partir de los años 80, el gobierno de Canadá empezó a proteger más la zona. Dejaron de permitir que los coches llegaran a la punta. En su lugar, pusieron en marcha un servicio de transporte hasta el vertedero. Comenzaron a comprar todas las casas de campo del parque y a eliminarlas. Eliminaron más de 350 edificios. También han eliminado dos carreteras. En 1989, ya no se permitió la caza de patos en el parque. En 1991, el gobierno empezó a matar a algunos de los ciervos del parque para proteger las plantas. Después han matado algunos ciervos más.
Point Pelee se convirtió en una reserva de cielo oscuro en 2006. Fue el primer parque nacional de Canadá en convertirse en una reserva de cielo oscuro. En 2006, las olas del lago Erie arrastraron la punta. Después de esto, en 2007, la punta reapareció. Esto se debió a que el nivel de agua del lago Erie bajó. La punta cambia cada año, alargándose o acortándose. En 2017, un incendio en Point Pelee quemó parte de las tierras pantanosas. Se quemaron unas 125 hectáreas.
