Los Pittsburgh Pirates se formaron en 1882. Primero jugaron sus partidos al otro lado del río del centro de Pittsburgh, en una zona que entonces era una ciudad independiente llamada Allegheny. El equipo también se llamaba Allegheny, o "los Alleghenys". Hacia 1890, la ciudad de Pittsburgh se anexionó a Allegheny. El equipo pasó a llamarse entonces "Pittsburgh", sin apodo todavía.
En 1891, el equipo de Pittsburgh firmó un contrato con un jugador que había pertenecido a un equipo de otra liga. Se les acusó de "piratear" el contrato del jugador. Poco después, los aficionados empezaron a llamar al equipo "los Piratas". Más tarde, el equipo adoptó el nombre como su nombre oficial, los Pittsburgh Pirates.
Los Piratas han ganado cinco Series Mundiales. La primera la ganaron en 1909, venciendo a los Tigres de Detroit. Los Pirates también ganaron las Series Mundiales de 1925, 1960, 1971 y 1979.
Algunos jugadores famosos de los Piratas han sido Honus Wagner, Ralph Kiner, Roberto Clemente y Willie Stargell.