Primeros años de carrera (San Diego Chargers, BC Lions, Washington Redskins)
En 1993, Green fue reclutado como la vigésimo sexta elección en la octava ronda y la 222ª en total por los San Diego Chargers. Pasó un año como reserva y no vio ningún tiempo de juego. Tras ser cortado en 1994 por los British Columbia Lions de la Liga de Fútbol Canadiense, se incorporó a los Washington Redskins. Aparte de un pase lanzado en 1997, no vería acción en la NFL hasta 1998, cuando lanzó para 3.441 yardas, 23 touchdowns y 11 intercepciones.
La temporada de despegue de Green llegó justo a tiempo, ya que se convirtió en agente libre sin restricciones después de la temporada de 1998. Rechazó una oferta de 4 años y 12 millones de dólares de los Redskins.
Primera temporada con los Rams
El 15 de febrero de 1999, Green acordó un contrato de 4 años por 17,5 millones de dólares con los Rams de San Luis, que incluía una bonificación por firma de 4,5 millones de dólares. En 1999, Green estaba programado para ser el titular de los Rams, pero sufrió una espantosa lesión de rodilla que puso fin a la temporada en un partido de pretemporada por un golpe de Rodney Harrison de los Chargers. El poco anunciado refuerzo Kurt Warner tomó el lugar de Green, y llevó a los Rams a una temporada de 13-3 que culminó con una dramática victoria de 23-16 sobre los Tennessee Titans en el Super Bowl XXXIV.
En el año 2000, Green comenzó la temporada como reserva de Warner, el actual MVP de la NFL. Fue titular en cinco partidos a mitad de la temporada mientras Warner estaba de baja por una fractura en la mano. Green y Warner se combinaron para llevar a los Rams al mayor total de yardas de pase del equipo en la historia de la NFL. Con Warner de vuelta como mariscal de campo, los Rams fueron sorprendidos en la ronda de comodines por los New Orleans Saints. Green fue traspasado durante la temporada baja a los Kansas City Chiefs a cambio de la 12ª elección global en el Draft de la NFL de 2001.
Jefes de Kansas City
Durante su primera temporada en Kansas City, Green tuvo problemas a pesar de la presencia del tight end Tony González, y del running back Priest Holmes. Lanzó para 3.783 yardas y 17 touchdowns, pero también lanzó 24 intercepciones. Green mostró una marcada mejoría en 2002, lanzando 26 touchdowns contra sólo 13 intercepciones, mientras los Chiefs se ubicaban 8-8. También es notable que Green empató el récord de la jugada de pase más larga de su carrera en la historia de la NFL (99 yardas) el 22 de diciembre de 2002, en un pase a Marc Boerigter en un partido contra los Chargers de San Diego. En 2003, Green tuvo su año de explosión, lanzando para 4.039 yardas, 24 touchdowns y 12 intercepciones. Llevó a los Chiefs a un récord de 13-3 y a un bye de primera ronda en los playoffs. Sin embargo, en el partido de desempate de división, perdieron un tiroteo de 38-31 contra Peyton Manning y los Potros de Indianápolis. El partido fue notable porque no hubo ningún golpe por parte de ninguno de los dos equipos, una primicia en la historia de los playoffs de la NFL. Green fue elegido para su primer Pro Bowl ese año. La temporada siguiente, los Chiefs quedaron con un balance de 7-9, ya que Priest Holmes sufrió una lesión de rodilla en el octavo partido contra los Tampa Bay Buccaneers en Tampa, Florida, y se perdió el resto de la temporada regular. En ese momento, lideraba la liga tanto en carreras como en anotación. Sin embargo, Green aún tuvo un año estelar, pasando para 4.591 yardas, 27 touchdowns y 17 intercepciones. Su total de pases en 2004 fue el segundo en importancia después de Daunte Culpepper, de Minnesota.
En 2005, los Chiefs, con una defensa mejorada, mejoraron su récord a 10-6, pero no llegaron a los playoffs. Green tuvo otra temporada fuerte en 2005, lanzando para 4.010 yardas (segundo después de Tom Brady de Nueva Inglaterra), y lanzando sólo 10 intercepciones, su total de temporada más bajo. Green fue elegido para su segundo Pro Bowl tras la temporada. Green tiene la distinción de tener cuatro temporadas consecutivas con una calificación de QB de 90,0 o mejor, tres de ellas con más de 4.000 yardas de pase. Green ha sido titular en 80 partidos consecutivos durante sus primeros cinco años con los Chiefs, un récord del equipo.
La temporada 2006 de Green se puso en peligro por una grave conmoción cerebral que sufrió durante el primer partido de la temporada, el 10 de septiembre de 2006, contra los Cincinnati Bengals en Kansas City. Green intentó deslizarse durante una jugada del tercer cuarto, pero fue golpeado fuertemente por el extremo defensivo de Cincinnati Robert Geathers, quien había bajado los hombros, pero en cambio golpeó al mariscal de campo en una posición inusual. Sin embargo, el árbitro determinó que no se había cometido ninguna falta y Geathers insistió en que había tratado de controlar, pero fue empujado por el receptor de los Chiefs Eddie Kennison. El locutor de la CBS Randy Cross, ex liniero ofensivo de los San Francisco 49ers, creyó que el golpe fue involuntario y apoyó la decisión de los oficiales. Los oficiales de la Liga Nacional de Fútbol Americano adoptaron la misma posición y, el 13 de septiembre de 2006, se negaron a multar a Robert Geathers porque no tenía un control completo de su cuerpo. Green quedó inconsciente y el partido se retrasó durante más de quince minutos mientras recibía atención médica. Al parecer, recuperó la conciencia en el túnel y no pudo recordar la jugada. Según el director general de los Chiefs, Carl Peterson, las visitas médicas preliminares revelaron una "conmoción cerebral muy, muy grave" y afirmaron que Green estaría de baja indefinidamente.
El sábado 21 de octubre de 2006, se informó que Green recibió el visto bueno de los médicos para volver a los entrenamientos. El presidente y gerente general de los Chiefs, Carl Peterson, dijo que esto no significa que esté autorizado para jugar. Peterson confirmó que el regreso de Green a los entrenamientos sería en un entorno controlado para ver hasta dónde llega su recuperación de una "conmoción cerebral muy, muy grave."
El 15 de noviembre de 2006, el entrenador jefe de los Kansas City Chiefs, Herman Edwards, anunció que Green recuperaría el puesto de mariscal de campo titular de Damon Huard, quien lo sustituyó cuando Green sufrió una conmoción cerebral.
La carrera de Green en Kansas City terminó con otra derrota en los playoffs contra Peyton Manning y los Indianapolis Colts en la ronda de Wild-Card de los Playoffs de la NFL de 2006.
El 27 de febrero de 2007, Damon Huard fue contratado de nuevo por los Chiefs por 7,5 millones de dólares en 3 años, lo que provocó una "controversia sobre el quarterback" en Kansas City. Inicialmente, se pidió a Green que aceptara un recorte en su salario de 2007, y se le concedió permiso para buscar un intercambio con otro equipo. Entre los equipos interesados se encontraban los Delfines de Miami (que ofrecieron una selección de séptima ronda del draft a los Chiefs, pero éstos declinaron, buscando en su lugar una selección de quinta ronda), los Leones de Detroit y los Browns de Cleveland también estaban interesados en Green antes del Draft de la NFL de 2007. Green no fue canjeado el fin de semana del draft como se esperaba. Green dijo que no volvería a Kansas City, lo que hizo posible su liberación. Green había dicho a los Chiefs que Miami era su preferencia, ya que anteriormente había trabajado bajo el mando del entrenador en jefe Cam Cameron y del entrenador de mariscales de campo Terry Shea.
Delfines de Miami
El 5 de junio de 2007, los Chiefs acordaron intercambiar a Green con los Miami Dolphins a cambio de una selección condicional de quinta ronda en el Draft de la NFL de 2008, a la espera de un examen físico de Green que posteriormente fue superado. Green fue presentado en una conferencia de prensa en Miami el 6 de junio. La selección del draft se habría convertido en una selección de cuarta ronda si Green jugaba más del 70 por ciento de las jugadas ofensivas de Miami. El 20 de agosto los Dolphins nombraron a Green como titular y a Cleo Lemon como su refuerzo, a pesar de que ninguno de los dos había lanzado un pase de touchdown hasta ese momento en el juego de pretemporada. La selección de segunda ronda John Beck fue nombrada tercera cuerda.
La posición de Green con su nuevo equipo -así como su carrera- se puso instantáneamente en peligro el 7 de octubre al sufrir otra conmoción cerebral grave al principio de un partido contra los Texans en Houston. Cuando faltaban poco menos de 4 minutos para el final del primer cuarto, Green puso su hombro sobre las rodillas del tackle defensivo de Houston, de 315 libras, Travis Johnson, en un intento exitoso de bloquearlo en una jugada que comenzó con un traspaso perdido al receptor abierto novato de los Dolphins, Ted Ginn Jr. Ginn, que corría de derecha a izquierda por el backfield cuando se produjo el fumble, recuperó el balón cerca de la banda y luego invirtió el campo. Johnson cayó desplomado en el bloqueo al mismo tiempo que Green caía boca abajo al césped, noqueado tras golpear la rodilla de Johnson con su casco. Johnson, al levantarse y ver que Ginn había sido detenido y la jugada terminada, se dirigió inmediatamente hacia el cuerpo de Green, clavando su dedo en el mariscal de campo inmóvil. Johnson fue marcado con una penalización de 15 yardas por burla, y el personal médico se dirigió rápidamente hacia Green. Tras ser examinado en el campo durante casi cinco minutos, Green fue retirado en camilla mientras Cleo Lemon entraba en su lugar.
Después del partido, un enfadado Travis Johnson tuvo duras palabras para Green, comparándolo con "el espantapájaros [que] quiere conseguir valor" y calificando el bloqueo de "malicioso". El entrenador de los Texans, Gary Kubiak, aunque en cierto modo se puso de acuerdo con Johnson al decir que los oficiales de la NFL deberían revisar las reglas sobre los bloqueos "picados", también calificó de "inexcusable" la reacción de Johnson sobre un jugador caído.
Aunque muchos aficionados y cronistas deportivos pidieron que Green se retirara, éste volvió a entrenar con el equipo, aunque en ropa de calle, el viernes siguiente a la lesión, tras regresar de Kansas City, donde fue evaluado por el mismo equipo médico que le hizo el diagnóstico en 2006. El entrenador Cam Cameron había expresado inicialmente sus planes de que Green volviera a jugar antes del final de la temporada 2007. Sin embargo, el 20 de octubre de 2007, los Dolphins anunciaron que Green sería colocado en la reserva de lesionados y convirtieron a Cleo Lemon en su mariscal de campo titular. Tras la temporada, Green se convirtió en uno de los nueve jugadores liberados por los Dolphins el 11 de febrero de 2008.
Segunda etapa con los Rams
El 10 de marzo de 2008, Green acordó un contrato de tres años por valor de unos 9 millones de dólares con los Rams de San Luis, con lo que se reincorporó al equipo en el que jugó en 1999 y 2000. El 23 de septiembre de 2008, Green fue nombrado titular para la cuarta semana contra los Buffalo Bills. Completó 17 de 32 pases para 236 yardas con una intercepción y una calificación de mariscal de campo de 64,1. El 9 de noviembre de 2008, contra los Jets, Green sustituyó a Marc Bulger después de que éste fuera eliminado por los Jets en la primera mitad. Los Rams liberaron a Green el 25 de febrero de 2009.
Jubilación
Green se retiró del fútbol profesional el 12 de junio de 2009, citando el deseo de seguir una carrera en la radiodifusión. El agente de Green, Jim Steiner, dijo: "Tuvo una carrera larga, próspera y muy exitosa. Cree que todavía puede jugar, pero la demanda no es muy alta en estos momentos y él no es el tipo de persona que se va a sentar durante cuatro o cinco meses a esperar que suene el teléfono."
