Primeros años de carrera (1995-2000)
Cuatro meses después de su debut profesional, Hunter alcanzó la segunda ronda del Campeonato del Reino Unido de 1995 al derrotar al número seis del mundo, Alan McManus, por 9-4. En el Abierto de Gales de 1996 llegó a la semifinal venciendo al campeón mundial Stephen Hendry en los octavos de final. Ese mismo año llegó a los cuartos de final del Campeonato del Reino Unido, donde venció a Willie Thorne por 9-0, a James Wattana por 9-5 y a Terry Murphy por 9-7, antes de perder por 5-9 ante Hendry, que pasó a ganar el evento. Hunter jugó en el Masters de 1997, donde perdió 1-5 contra Mark Williams en la primera ronda.
Hunter ganó su primer evento del ranking en el Abierto de Gales de 1998. Derrotó a Paul Wykes por 5-3, a Neal Foulds por 5-2, a Steve Davis por 5-3, a Nigel Bond por 5-4, a Alan McManus por 5-3 y a Peter Ebdon por 6-1, antes de vencer a John Higgins por 9-5 en la final. Durante la final, Hunter iba perdiendo 2-4 pero ganó siete cuadros de los ocho siguientes para ganar el partido. Tras este evento, llegó a las semifinales del Campeonato del Reino Unido de 1998. A finales de año, fue nombrado "jugador joven del año" por la Asociación de Escritores de Snooker.
Hunter se clasificó por primera vez para jugar en el Campeonato Mundial de Snooker en 1999, donde perdió 8-10 en la primera ronda contra el ganador Stephen Hendry. Terminó la temporada en el puesto 12 de la clasificación mundial de 1999-2000, lo que le supuso la clasificación automática en las fases finales de los torneos de clasificación por primera vez.
En la temporada siguiente alcanzó los cuartos de final en seis eventos. Fue subcampeón del Abierto de Gales de 2001, semifinalista del Abierto Británico y del Abierto de Escocia, y cuartofinalista del Gran Premio y del Abierto de China.
Campeón de los Masters (2001-2004)
En el Masters de 2001, Hunter venció a Matthew Stevens por 6-5 en la primera ronda, a Peter Ebdon por 6-3 en los cuartos de final y a Stephen Hendry por 6-4 en las semifinales. En la final, Hunter se enfrentó a Fergal O'Brien. Iba por detrás 3-7, pero ganó siete de los nueve cuadros siguientes para ganar 10-9. Después de ganar, Hunter comentó que él y su novia habían tenido sexo entre sesiones cuando perdía 2-6 y que eso le había hecho jugar mejor.
En el evento del año siguiente, también ganó. Ganó a Stephen Lee por 6-3 en la primera ronda, a Peter Ebdon por 6-5 en los cuartos de final y a Alan McManus por 6-5 en las semifinales, donde se enfrentó a Mark Williams en la final. Hunter perdió los cinco primeros cuadros, pero ganó el partido por 10-9. Hunter fue el tercer jugador en retener el Masters junto con Cliff Thorburn y Stephen Hendry. Hunter también ganó su segundo evento del ranking, al ganar el Abierto de Gales de 2002, venciendo a Ken Doherty por 9-2 en la final, pero fue derrotado por Quinten Hann por 9-10 en la primera ronda del Campeonato Mundial de 2002. Más tarde, en 2002, Hunter ganó su tercer evento del ranking, el Abierto Británico, derrotando a Ian McCulloch por 9-4 en la final. Como campeón defensor del Masters, Hunter llegó a las semifinales del evento de 2003, pero perdió por 3-6 ante Mark Williams.
En el Campeonato Mundial de Snooker de 2003, derrotó a Allister Carter por 10-5, a Matthew Stevens por 13-6 y a Peter Ebdon por 13-12 para llegar a las semifinales. En su semifinal al mejor de 33 cuadros, Hunter estableció una ventaja de 15-9 sobre Ken Doherty, pero sólo pudo ganar uno de los nueve cuadros siguientes y perdió el partido por 16-17. El partido se emitió posteriormente como un "clásico del Crucible" en la BBC durante las fechas originales del Campeonato Mundial de Snooker de 2020, cuando el evento se retrasó. A pesar de la derrota, consiguió un puesto entre los ocho mejores del mundo en la clasificación mundial de 2003-2004 por primera vez en su carrera, después de haber sido el número nueve durante las dos temporadas anteriores.
En 2003-04, Hunter ganó el Masters 2004 por tercera vez en cuatro años. Hunter estuvo por detrás de Ronnie O'Sullivan durante el partido 1-6, 2-7, 6-8 y 7-9 antes de ganar los tres últimos cuadros para ganar. Hizo cinco breaks de siglo en el partido. Hunter también llegó a la final del Campeonato de Jugadores, pero perdió por 7-9 contra Jimmy White. En el evento de la Premier League Snooker de 2004, hizo el mejor break de su carrera, un 146 en una derrota por 3-5 ante Marco Fu. Llegó a la segunda ronda del Campeonato Mundial de Snooker de 2004, donde perdió por 12-13 contra Matthew Stevens, a pesar de ir por delante tanto en el 10-6 como en el 12-10.
Hunter comenzó la temporada 2004-05 alcanzando las semifinales del Grand Prix, donde perdió por 3-6 ante Ronnie O'Sullivan. A continuación, alcanzó los cuartos de final del Abierto de China de 2005, apenas unos días después de descubrir que padecía cáncer. El mejor puesto de su carrera fue el número cuatro del mundo durante la temporada 2004-2005, que bajó al número cinco la temporada siguiente.
Los últimos años y la enfermedad (2005-2006)
El 6 de abril de 2005, Hunter anunció que padecía cáncer. Hunter regresó al snooker para el inicio de la temporada 2005-06, pero perdió ante Rory McLeod en la primera ronda del Grand Prix. El siguiente partido de Hunter de la temporada fue en el Campeonato del Reino Unido contra Jamie Burnett, en el que Hunter estuvo 6-8 abajo pero ganó el partido 9-8. A pesar de ello, Hunter perdió en la siguiente ronda por 2-9 contra el eventual campeón Ding Junhui. Perdió en la primera ronda del Campeonato del Mundo de 2006 por 5-10 contra Neil Robertson, su último partido.
Descendió del 5º al 34º puesto en la clasificación de 2006/2007. Hunter admitió que estaba peor que el año anterior y confirmó que había tenido dolores continuos. El 27 de julio de 2006, la WPBSA confirmó que, tras una votación de los miembros, se cambiarían las reglas para permitir que Hunter no participara en toda la temporada 2006-2007 con su clasificación mundial congelada en el puesto 34. Tenía la intención de dedicar el año al tratamiento de su cáncer.
