Guede fue juzgado en Italia en octubre de 2008. Fue declarado culpable y enviado a prisión durante 30 años.
Knox y Sollecito también fueron juzgados. Sollecito fue condenado a 25 años de prisión y Knox a 26 años. Ambos apelaron sus sentencias.
Los fiscales dijeron que Guede, Knox y Sollecito mataron juntos a Kercher. Los abogados de Knox y Sollecito dijeron que Guede la mató solo, y que desnudó y trasladó el cuerpo horas después. En junio-noviembre de 2009, sus abogados presentaron pruebas y testigos para apoyar la teoría del "lobo solitario", según la cual Guede mató a Kercher y después desnudó y trasladó su cuerpo lejos de la ventana de su dormitorio en la casa donde vivía con Knox.
Guede había afirmado que había sido invitado a su casa, como una cita planeada con Kercher en Halloween. Mientras estaba en la casa de ella, afirmó que se sintió mal, y mientras estaba en el baño, escuchó un fuerte grito. En su relato, Guede afirmó que vio a un hombre italiano de pelo castaño sosteniendo un cuchillo, sobre Kercher en el suelo de su habitación. Entonces afirmó que el hombre luchó con él y salió corriendo de la casa, diciendo en perfecto italiano: "Trovato negro, trovato colpevole" ("encontrado negro, encontrado culpable"). Guede dijo que intentó ayudar a Kercher, ya que estaba sangrando rápidamente, pero se asustó y salió corriendo de la casa, sin llamar a la policía ni a nadie para pedir ayuda. Guede había dicho a las autoridades que Kercher estaba completamente vestida cuando fue apuñalada, y que la dejó con la colcha y la almohada en su cama. Sin embargo, los testigos y los expertos en CSI, de la Policía Científica de Roma, presentaron pruebas que contradecían la historia de Guede sobre esa noche:
· Guede afirmó que Kercher se reunió con él en Halloween, pero sus amigos testificaron que habían salido de fiesta con ella, y ninguno de ellos la vio hablando con Guede.
· Guede afirmó que Kercher estaba completamente vestida cuando fue apuñalada, pero las manchas de sangre en su piel indicaban que su camiseta estaba tirada por encima del sujetador cuando fue apuñalada.
· Guede afirmó que la almohada blanca permaneció en la cama, pero se encontró debajo del cuerpo, marcada con la huella de su zapato izquierdo (de las zapatillas Nike Outbreak 2) y la huella de su palma con sangre.
· Guede afirmó que no volvió a desnudar y mover el cuerpo, pero el sujetador y el tirante del sujetador cortado tenían un ADN que coincidía con el perfil genético de Guede, también en su cuerpo y en el bolso.
· Guede afirmó que no rompió la ventana del tercer dormitorio, pero sólo 5 días antes había sido sorprendido en un colegio de Milán con un ordenador portátil y un teléfono móvil robados de un despacho de abogados, que había sido asaltado con una piedra a través de una ventana del piso superior.
· Guede afirmó que no había apuñalado a Kercher, pero cuando fue sorprendido dentro de la escuela de Milán el 27 de octubre de 2007, la policía local registró su mochila y encontró un cuchillo de cocina robado de la cocina de la escuela.
En el juicio de Guede, el juez y el jurado no creyeron las afirmaciones de Guede y lo condenaron por el asesinato. Lo atraparon porque la huella de la palma de la mano en la almohada coincidía con su expediente policial, incluido el incidente de la escuela de Milán, cuando la policía milanesa lo había liberado sólo 5 días antes del asesinato. Guede fue condenado a 30 años de prisión, pero se redujo a 16 años tras su primer juicio de apelación.
En un juicio separado, tanto Knox como Sollecito fueron juzgados por el asesinato, pero las pruebas fueron mucho menores que con Guede. Ningún testigo declaró haber visto u oído a Knox o Sollecito entrar o salir de la casa esa noche. Además, las pequeñas cantidades de ADN que los relacionaban con el asesinato eran tan escasas que podían considerarse contaminación, y esas pequeñas cantidades de ADN son inadmisibles en los juicios de los tribunales penales británicos o estadounidenses. Aunque se habían encontrado numerosas huellas de zapatos que coincidían con la zapatilla Nike de Guede, no había huellas que coincidieran con ninguno de los zapatos que la policía había sacado de las casas de Knox y Sollecito. Las principales cuestiones sobre ellos eran que decían cosas que parecían sospechosas:
· Knox había escrito una declaración, durante el interrogatorio policial, en la que recordaba vagamente haber ido a la casa con su jefe del trabajo, pero pensaba que era un recuerdo falso, sugerido bajo presión policial.
· Knox testificó que la policía, en el cuarto día de preguntas, la mantuvo despierta toda la noche, sin comer, luego le gritó, la golpeó y la amenazó con meterla en la cárcel durante 30 años a menos que nombrara a alguien. Sin embargo, los policías declararon que no la intimidaron y que, en cambio, Knox se puso a llorar y confesó que estaba en la casa.
· El día en que se descubrió el cadáver, cuando llegó la policía postal, Knox y Sollecito dijeron que habían llamado a la policía, pero los registros telefónicos indican que la llamada se hizo unos minutos después, no antes, de su llegada.
· Sollecito, al llamar a la policía, dijo que se había producido un robo sin llevarse nada, aunque los otros compañeros de casa no habían vuelto a contar sus pertenencias.
· Ambos afirmaron haber pasado la noche en su casa de dos pisos, pero no pudieron confirmar qué hacía el otro en el piso de abajo, ni si alguno de ellos se había marchado.
· Sollecito dijo a la policía que su padre lo había llamado a su casa alrededor de las 11 de la noche.
Como ningún otro testigo pudo confirmar que la pareja se alojó en su casa, durante el asesinato en casa de Knox, ambos fueron enviados a juicio. Las pruebas contra ellos eran muy limitadas:
· Un hombre, Hekuran K., afirmó haber visto a los tres en una calle lluviosa cerca de la casa esa noche, y haber discutido con ellos, pero la lluvia había sido en Halloween, en cambio, la noche anterior. Cuando se le preguntó cómo sabía a qué hora habían discutido, dijo que había comprobado el reloj de su coche, pero que estaba estropeado. Cuando se le preguntó si había hablado con los periodistas, dijo que no y luego que sí.
· Otro testigo, un indigente, Antonio C. dijo que vio a Knox y a Sollecito hablando en una plaza cercana a la casa esa noche entre las 11 y las 11:30 de la noche, cronometrado por un reloj cercano, pero en su declaración original había dicho que otras personas cercanas llevaban máscaras, como en Halloween, la noche anterior.
· Los registros informáticos muestran que el ordenador de Sollecito estaba siendo utilizado a las 21:10 horas y que vivía al menos a 10 minutos de la plaza.
· Un experto en huellas dactilares afirmó que una huella de zapato en la almohada de la cama era de la talla de Knox, pero el patrón no coincidía con ninguno de sus 22 zapatos, y cuando se dobló la almohada, esa huella de zapato coincidía exactamente con las zapatillas Nike de Guede.
· Se afirmó que una huella parcial de sangre en la alfombra de baño cercana coincidía con el pie de Sollecito, pero los expertos declararon que era tan imprecisa que también coincidía con el pie de Guede.
· En la habitación de Kercher no se encontraron pelos, fibras de ropa, piel o huellas dactilares de Knox o Sollecito.
· No se encontró ropa, zapatos o cuchillos manchados de sangre en ninguna de sus casas, ni en el coche de Sollecito.
· Un cuchillo tomado de la cocina de Sollecito, con el ADN de Knox en el mango, se afirmó que coincidía con una cantidad de ADN de Kercher cerca de la punta, pero el cuchillo era demasiado grande para haber hecho dos de las tres puñaladas, y dio negativo para cualquier residuo de sangre en cualquier lugar.
Cuando Knox fue condenada en el primer juicio, el veredicto fue cuestionado por algunos como "antiamericanismo", pero Sollecito también fue condenado al mismo tiempo.
