La Academia Pontificia de las Ciencias se remonta a cuatro siglos atrás, cuando fue creada como Accademia dei Lincei en 1603. El Papa Pío IX le cambió el nombre por el de Academia Pontificia de los Nuevos Lincei en 1847 para significar su nuevo estatus como institución oficial del Estado Pontificio. Casi un siglo después, fue reorganizada como Academia Pontificia de las Ciencias el 28 de octubre de 1936, por el Papa Pío XI en un Motu proprio In multis solaciis (en latín "Entre los muchos consuelos").

